Dalam kes jangkitan sitomegalovirus kongenital, sifat kerosakan janin bergantung pada tempoh jangkitan. Jangkitan sitomegalovirus akut pada ibu dalam 20 minggu pertama kehamilan boleh membawa kepada patologi janin yang teruk, yang mengakibatkan keguguran spontan, kematian intrauterin janin, kelahiran mati, kecacatan, dalam kebanyakan kes tidak serasi dengan kehidupan. Sekiranya jangkitan dengan sitomegalovirus pada peringkat akhir kehamilan, prognosis untuk kehidupan dan perkembangan normal kanak-kanak adalah lebih baik.