Meningokokus adalah sel sfera gram-negatif dengan diameter 0.6-0.8 µm. Dalam smear yang disediakan daripada bahan yang diambil daripada pesakit, ia mempunyai bentuk biji kopi, selalunya terletak secara berpasangan atau tetrad, atau secara rawak, selalunya di dalam leukosit - fagositosis tidak lengkap.