Ejen penyebab ensefalitis virus bawaan kutu tergolong dalam genus flavivirus. Virion adalah sfera, diameter 40-50 nm, mengandungi RNA, dan membiak dengan baik dalam banyak kultur tisu. Daripada haiwan makmal, tikus putih, hamster, monyet, dan tikus kapas paling sensitif terhadap virus. Banyak haiwan domestik juga terdedah kepada virus ensefalitis bawaan kutu.