Kekurangan enterokinase kongenital telah diterangkan, serta kekurangan enzim sementara pada bayi yang sangat pramatang. Akibat kekurangan enterokinase, penukaran trypsinogen kepada trypsin terganggu, yang mengakibatkan pecahan protein dalam usus kecil. Dalam patologi duodenal, kekurangan duodenase juga mungkin, yang membawa kepada kekurangan peptidase.