Alloimun, atau isoimmune, neutropenia bayi baru lahir berlaku pada janin disebabkan ketidakserasian antigen neutrofil janin dan ibu. Isoantibodi ibu tergolong dalam kelas IgG, mereka menembusi halangan plasenta dan memusnahkan neutrofil kanak-kanak. Isoantibodi biasanya leukoaglutinin, mereka bertindak balas dengan sel pesakit dan bapanya, tidak bertindak balas dengan sel ibu.