Penyebab pyelonephritis yang paling biasa adalah wakil dari keluarga Entembacteriaceae (batang gram-negatif), di mana Escherichia coli menyumbang kira-kira 80% (dalam kes akut yang tidak rumit); patogen yang kurang biasa ialah Proteus spp., Klebsiella spp., Enterobacter spp., Citrobacter spp.