Endokarditis infektif boleh disebabkan oleh pelbagai mikroorganisma, termasuk kulat, rickettsia, dan klamidia. Walau bagaimanapun, bakteria adalah agen penyebab utama. Ejen penyebab endokarditis infektif yang paling biasa ialah streptokokus (50%) dan staphylococci (35%).