Pengesanan patogen adalah sangat penting untuk mengesahkan diagnosis pneumocystosis. Bahan utama untuk kajian adalah sputum, rembesan bronkial, cucian yang diperoleh semasa lavage bronkial atau lavage bronchoalveolar, kepingan tisu paru-paru yang diambil semasa biopsi transbronchial, perkutaneus atau terbuka. Selalunya, disebabkan keadaan pesakit yang serius, manipulasi ini tidak dijalankan untuk mengelakkan komplikasi.